Limitada la posibilidad de perseguir penalmente a los responsables del terrorismo de Estado por las leyes de impunidad y los indultos, el movimiento de derechos humanos trabajó para abrir vías alternativas de justicia.

En 1995 el Centro de Estudios Legales y Sociales (CELS) presentó la primera demanda por el reconocimiento del derecho a la verdad tanto de los familiares de las víctimas como de la sociedad. Luego de un proceso legal que llegó hasta la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH), en el año 1999 el Estado argentino firmó un acuerdo de solución amistosa en el que reconoció este derecho y se comprometió a llevar adelante estos juicios, que permiten indagar en las causas, avanzar en el conocimiento de la metodología de violación de derechos humanos aplicada por el Estado y encontrar respuesta al destino final de cada uno de los desaparecidos, sin penar a los responsables.

El primero de estos procesos judiciales se inició con una presentación de la APDH (Asamblea Permanente por los Derechos Humanos) La Plata, realizada en abril de 1998. Desde septiembre de ese año, la Cámara Federal de La Plata ha tomado audiencias orales y públicas todos los miércoles. La investigación lleva en la actualidad más de 2200 expedientes, y han declarado más de 800 testigos.

Adquieren particular importancia los Juicios por la Verdad, llevados adelante en las Cámaras Federales de Apelación de La Plata, Buenos Aires, Bahía Blanca, Mar del Plata, Córdoba, Rosario y Mar del Plata.

Con el correr de los años los expedientes de los Juicios sirvieron como pruebas en causas penales en las que están imputados responsables del Terrorismo de Estado perpetrado en la Argentina.